Voorgeschiedenis
Het hertogendom Brabant behoorde tot het grote Bourgondische Rijk. Wat later zou Mechelen hiervan het middelpunt worden, met Margaretha van Oostenrijk als spilfiguur. De 15e eeuw was echter ook woelig. Zo telde Onze-Lieve-Vrouw-Waver van 1435 tot 1480 een sterk dalende bevolking. In deze periode is de kerk tenminste tweemaal gedeeltelijk verwoest door rondtrekkende plunderende benden. Bewijzen vindt men in de herstellingen die het gebouw toen onderging. In een eerste periode werd gans het kerkschip, evenals het noordertransept, herbouwd en verhoogd, nu niet meer in Romaanse, maar wel in Gotische stijl. De pilaren in de kerk met de segmentvormige lichtvensters daarboven, samen met de verhoging van het noordertranssept en geheel het oude koor, zijn daar blijvende getuigen van. Het zuidertranssept, met het segmentvormig afgedekt inkomdeurtje en het grote raam daarboven dateren uit een latere periode van de gotiek. Hier en daar ziet men sporen van loof-en beeldhouwwerk die wijzen op de "vlammende" gotiek. Middeleeuws zijn ook de diverse sier- en kraagstenen. Men kan ze nog terug zien onder de dakgoten van de beide transepten en onder de boog van de deur in het noordertransept. Voor de zware vernieling van de huidige kerk in 1914, werden in het interieur nog diverse beelden uit de Boergondische tijd bewaard: - een prachtig tweezijdig gepolychromeerd triomkruis uit de 14e eeuw. De vier armen van dit kruis, versierd met bloem- en haakmotieven, eindigden op vierlobbige elementen voorzien van beeldhouwerk, aan de ene zijde de vier evangelisten voorstellend, aan de andere zijde de vier grote kerkleraars. In het midden van het kruis was het Agnus Dei afgebeeld.- een gepolychomeerde beeldengroep van Sint-Anna-Ten-Drie‘n uit hetzelfde tijdperk en ongeveer 60 cm groot. Het is opmerkelijk dat in de parochie reeds in 1512 een "Bruerscap van O.L.Vrouwe Wavere" bestond. Daarvan getuigt een in het Latijn opgestelde aflaatbrief van Jacob de Croy, bisschop van Kamerijk, opgesteld op 3 november van dat zelfde jaar "bij welcken verleent zijn graciën, aflaeten ende pardoen den weldoeners derzelve...". De overlevering wil dan ook - vermoedelijke helemaal terecht - dat O.-L.-V.-Waver in het verre verleden een belangrijk bedevaartsoord was. Vooral op de derde pinksterdag werd, onder toeloop van zeer veel volk, de Moeder Gods hier tijdens de processie op biezondere wijze vereerd en aanroepen. Oude kronijken verhalen zelfs dat de volkstoeloop op deze dagen zo groot was, dat de stadspoorten van Mechelen en Lier langer dienden open te blijven opdat de terugkerende schare bedevaarders veilig naar hun omwalde stad konden terugkeren.